Identification des gènes de β-lactamase à spectre étendu de type SHV chez Pseudomonas aeruginosa par PCR- restriction fragment length polymorphism et insertion site restriction -PCR

Nous proposons une méthode simple et rapide pour la discrimination entre les gènes des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) de type SHV chez P. aeruginosa en se basant sur des techniques de PCR (PCR-RFLP et RSI-PCR). Nous avons étudié 22 isolats de P. aeruginosa producteurs de BLSE, isolés de prélèvements cliniques effectués chez sept patients immunodéprimés (19 isolats) et de prélèvements environnementaux (trois isolats) au Centre national de greffe de moelle osseuse de Tunis. L’amplification PCR de screening utilisant des paires d’amorces détectant les gènes codant pour les β-lactamases du groupe TEM, SHV, OXA groupe I, OXA groupe II, OXA-18 et PER-1 a permis l’amplification des gènes bla OXA18 et bla SHV parmi toutes ces souches. L’électrophorèse en champ pulsé utilisant l’endonucléase Spe I a identifié cinq groupes génotypiques. La digestion des produits PCR des cinq souches représentatives des différents génotypes par Dde I et Bsr I a montré des profils de restriction identiques à celui du témoin négatif bla SHV-1  ; de même que la digestion des produits de RSI-PCR par Nru I, témoignant de l’absence des mutations 35, 238 et 240, caractéristiques des BLSE décrites chez P. aeruginosa (SHV-2a, SHV5 et SHV12) et suggérant que les gènes bla SHV étudiés ne codaient pas pour des BLSE. L’hybridation de l’ADN génomique par southern blot avec une sonde contenant le gène bla SHV-1 a été positive avec toutes les souches. Le séquençage du cadre de lecture entier a identifié la séquence comme celle de bla SHV-1. Les résultats de la PCR-RFLP et de l’RSI-PCR ont ainsi été confirmés. Cette approche est efficace pour le screening des souches de P. aeruginosa hébergeant un gène de BLSE de type SHV lors des études épidémiologiques et pour détecter de nouveaux variants.